Op 15 mei 1993 heeft het kabinet besloten om de goederenspoorlijn tussen Rotterdam en Duitsland te bouwen. De spoorlijn zou geheel bovengronds worden aangelegd. De kosten zouden 6,2 miljard gulden bedragen, omgerekend 2,8 miljard euro. Voor 2000 zou de spoorlijn zijn opgeleverd. In ongeveer 1998 begon de aanleg van het traject. Voor de aanleg van de spoorlijn beloofde het ministerie dat private investeerders voor een groot deel de spoorlijn zouden betalen. Maar die zijn nooit gekomen. Het Ministerie van Verkeer en Waterstaat gaf de spoorlijn de naam 'BetuweRoute' omdat de spoorlijn parralel loopt met de spoorlijn Dordrecht - Elst, ookwel de Betuwelijn genoemd. De BetuweRoute loopt ook dwars door de Betuwe.

Voor de bouw van de BetuweRoute zijn verschillende locomotieven gebruikt. In 2004 nam Kandt de 691 over van NS voor de aanleg van de BetuweRoute. De loc heeft een donker blauwe kleur gekregen. Een jaar later nam Cronifer Moerdijk de loc over om de defecte 633 te vervangen.

Tijdens archeologies onderzoek in 1997 is ter hoogte van de Polderweg in Hardinxveld-Giessendam een boomstamkano en het oudste skelet ooit opgegraven in Nederland ontdekt. Het ruim 7000 jaar oude menselijke skelet kreeg de naam Trijntje. Het skelet was van een vrouw van ongeveer 50 jaar oud, ze was 1,58 meter lang en was moeder van verschillende kinderen.

De bouw van de BetuweRoute heeft uiteindelijk 10 jaar geduurd. De voorbereidingen, de inspraakrondes, de procedures namen zo’n 8 jaar in beslag. Resultaat is een spoorlijn die goed is ingepast in de omgeving en die gebouwd is naar de modernste opvattingen over veiligheid en vormgeving. De spoorlijn heeft een maximale snelheid van 12 km/u (dienstsnelheid 100 km/u). De goederenspoorlijn is op 16 juni 2007 officieel geopend door Koningin Beatrix. De grote geluidshinder waar veel mensen bang voor waren is er nauwlijks gekomen. Dit komt onder andere door geluidsdempers in de sporen en geluidsschermen langs vrijwel de gehele BetuweRoute. De BetuweRoute loopt van de 2e Maasvlakte tot aan de grens bij Zevenaar over een lengte van 174 kilometer.

De uiteindelijke kosten van de spoorlijn bedroegen 4,7 miljard euro. De hoge kosten veroorzaakte

De BetuweRoute is het Nederlandse deel van een transeuropese spoorlijn, het Trans European Rail Freight Network (TERFN) die de havens van Rotterdam en Genua verbindt. De Betuweroute is uitgerust met de modernste veiligheidssystemen. Zo zijn er in de 5 tunnels speciale sprinklerinstallaties aangebracht die ervoor zorgen dat bij brand de trein en de tunnel niet oververhit raken. De Betuweroute is dubbelsporig en kent geen gelijkvloerse kruisingen met het wegverkeer.

Ter hoogte van Meteren (dicht bij Geldermalsen) is een aansluiting gemaakt op de lijn Den Bosch – Utrecht. Treinen kunnen vanuit Utrecht richting Emmerich en v.v. Daarmee beschikken de haven van Amsterdam en de hoogovens in IJmuiden over een eigen aansluiting.