Op 29 juli 1991 werd in de Europese Unie de nieuwe richtlijn 91/440/EEG aangenomen, waarin staat dat directe staatsexploitatie van spoorwegen werd verboden, er een scheiding moet zijn tussen de beheerder van de infra en de spoorwegmaatschappijen en dat nieuwe vervoerders treindiensten zouden moeten kunnen uitvoeren. In Nederland werd in 1992 de commissie-Wijffels aangesteld om te onderzoeken hoe dit in Nederland toegepast zou moeten worden. Er werd besloten om niet het hele spoorwegnet, zoals men in Engeland wel deed, te liberaliseren maar slechts de verliesleidende spoorlijnen aan te besteden. De niet-rendabele lijnen zouden vanuit de provincies worden aanbesteed en het bedrijf dat de goedkoopste dienst kon uitvoeren, won voor een aantal jaar de concessie. In samenspraak met de Nederlandse Spoorwegen kwamen ongeveer dertig nevenlijnen in aanmerking om te worden geprivatiseerd. De nieuwe vervoerder Oostnet reed op 24 mei 1998 de eerste trein op een van NS overgenomen baanvak. De private vervoerder nam de rijvaardige 180 en de 186 en het plukstel 164 over van NS om de dienst tussen Almelo en Mariënberg te rijden. Na de spoorlijn Almelo - Mariënberg werden meer onrendabele spoorlijnen aanbesteed. Vervoerder Syntus verzorgde vanaf mei 1999 de treindiensten tussen Doetinchem - Winterswijk en Winterswijk - Zutphen. Net als in Twente werd voor de treindienst dieselmaterieel van NS gebruikt. Totdat de nieuwe dieseltreinen van het type Lint 41/H van Syntus gereed waren huurde het bedrijf vier oude Plan U-treinstellen van NS. De nummers 113, 114, 115 en 125 werden vanaf 1999 door Syntus ingezet op de spoorlijn Arnhem - Winterswijk en Winterswijk - Zutphen. In 2001 werd de 125 gewisseld met de 112. Toen de nieuwe Linten gereed waren, leverde Syntus de gehuurde DE3'en in 2002 weer in.

In de jaren '90 bestelde NS 53 nieuwe tweedelige dieseltreinstellen van het type DM'90 om de oude Blauwe Engelen en de Plan U-treinstellen te vervangen. De nieuwe Buffels werden tussen 1996 en 1998 geleverd. In 1997 begon NS met het seriematig buitendienststellen van de DE3'en. Vanwege materieeltekort besloot NS het afvoeren van de Plan U's te stoppen en vijftien stellen zelfs grondig te reviseren. De treinstellen (waaronder de 121 en de 151) werden ontdaan van asbest, kregen geheel nieuwe dieselmotoren (gebouwd door Wartsila), de wisselstroomgenerator in de machinekamer werd vervangen door een Bredenoord-aggregaat in de bagageruimte, de treinen kregen een opvallende nieuwe koeling op het dak voor dit aggregaat en het interieur werd volledig vernieuwd. Tevens werden vijf treinstellen voorzien van het beveiligingssysteem ATB-NG. De revisies werden tussen 2000 en 2002 uitgevoerd. De treinstellen die ATB-NG ingebouwd kregen werden hernummerd naar de 191 t/m 195. De vijftien Plan U's werden ingezet op de volledig geëlektrificeerde trajecten Eindhoven - Weert en Zwolle - Groningen. De gereviseerde DE3'en nam NS eind 2003 al uit dienst. Hierdoor waren de treinen nog in een zeer goede staat toen ze aan de kant gingen. NS besloot de treinstellen te conserveren voor een eventuele verkoop.

De vervoerder Bratislavská regionálna koľajová spoločnost (BKRS) uit Slowakije had als eerste interesse in de oude Plan U's en besloot de stellen 116, 117, 125, 151, 191 en de 193 te kopen. De 125 en de 193 vertrokken op 11 mei 2007 als eerste naar Slowakije. De treinstellen werden ingesloten door twee koppelwagens en door de 1773 naar Bad Bentheim gebracht. In Slowakije werden de treinstellen, en de Nederlandse koppelwagens, in Bratislava geparkeerd. Nadat beide DE3'en waren aangekomen besloot BKRS toch niet voor de treinen te betalen. De treinen bleven in Bratislava staan en beide Plan U's en de koppelwagens werden uiteindelijk daar gesloopt. Na BKRS was het Roemeense Ferotrans geïnteresseerd in de Plan U's van NS. NS verkocht dezelfde stellen die aan BKRS waren verkocht en nog in Nederland waren gebleven. Ter vervanging van de 125 en de 193, die nog in Slowakije stonden, verkocht NS ook de 195 aan Ferotrans. De Stichting Historisch Dieselmaterieel kon hun rode DE3 113 ruilen met de 151 van NS. De 151 verkeerde namelijk in een veel betere staat dan de 113. Uiteindelijk bleek dat Ferotrans ook niet betaalde en NS liet de vijf Plan U's in 2019, samen met 37 1700'en en veertien DDM-rijtuigen slopen bij HKS Metals in Amsterdam.

Nadat Syntus de 114 in 2002 inleverde bij NS, nam het Spoorwegmuseum het treinstel over. De Plan U werd naar de loods van het museum in Blerick gebracht. In Blerick kreeg de 114 motorisch onderhoud. Op 18 januari 2010 werd de gele 114 door de Mat'46 273 en de Mat'54 386 van Blerick naar het Spoorwegmuseum gesleept. In het museum werd de Plan U weer rood geschilderd. Op 27 februari 2010 reed de rode 114 zijn eerste proefrit. Het Spoorwegmuseum zette haar DE3 regelmatig in voor ritten of voor het slepen van transporten. Op 21 september 2019 was de rode 114 samen met de Mat'46 273 te zien tijdens een opendag in de hoofdwerkplaats van NS in Haarlem. Die avond reed het treinstel terug naar Utrecht. Dit was de laatste rit die het Spoorwegmuseum met de Plan U reed. De 114 stond in Utrecht altijd buiten opgesteld, en werd nu ook buiten geparkeerd. Door het buiten staan verslechterde het casco van het treinstel helaas snel.

In 2025 maakte het Spoorwegmuseum bekend dat het een grote koerswijziging ondergaat en zich nog meer gaat focussen op families met kinderen en educatie, en veel minder op volwassenen die geïnteresseerd zijn in de (cultuur)geschiedenis van het spoor en treinen. Met de nieuwe koers besloot het museum de samenwerking met de Vrienden van het Spoorwegmuseum na 55 jaar eenzijdig te beëindigen. De ongeveer 800 leden onderhielden en restaureerden treinen van het Spoorwegmuseum en vinden de geschiedenis van het spoor juist wel erg belangrijk. Per 1 januari 2027 stopt de samenwerking. Het NSM stoot deels de museumloods in Blerick af, waar een deel van de collectie staat opgeslagen. Ook nam het museum het besluit om een deel van de treinencollectie af te stoten. Een aantal treinen waarvan het museum meerdere exemplaren van dezelfde serie in bezit heeft, zoals de Sik 286, Hippel 512, de 1312 en de 2264, wordt afgestoten. Ook wordt de losse kop van Mat'46 285 afgestoten, aangezien het museum het volledige treinstel 273 in zijn bezit heeft. Andere treinen waarvan het Spoorwegmuseum wel slechts één exemplaar van een serie in zijn collectie heeft, maar waarvan de optische restauratiekosten te hoog worden geacht, worden ook afgestoten. Dit betreffen de 1656, Plan U 114, DDM ABv 26-37 618 'Olifant', DD-AR ABv 380 7576, slaaprijtuig CIWL 4750, ongevallenspoorkraan 974 1 503, een gesloten goederenwagon SS CHA uit 1871 en een Duitse gasketelwagon uit 1921. Naast de treinen stoot het museum ook duizenden losse historische objecten en modelbouwtreinen af. Op 12 februari 2026 stopte het Spoorwegmuseum vanwege financiële problemen abrupt met de voorstellingen en veel evenementen. Hoewel in de reorganisatie van vorig jaar juist de geschiedenis van de spoorwegen als minder belangrijk werd gezien, kondigde het museum nu aan weer meer op de treinen te focussen. Hierdoor kan het Spoorwegmuseum subsidies en fondsen aanvragen die zijn bedoeld voor museale doeleinden. Het museum zit vanwege gestegen kosten in zwaar weer. Hoewel het museum het slecht heeft, en de laatste koerswijziging in 2026, worden de banden met de Vrienden van het Spoorwegmuseum niet meer hersteld.

De Stichting 2454 CREW nam in juni 2025 de Plan U 114 over. De 2454 CREW beschikt al over de rode 115 en de gele 151. Sinds begin 2024 was de CREW bezig om Plan U 115 weer in rijvaardige staat te restaureren en terug te brengen in zijn rode kleur. De 115 stond sinds 2018 vijf jaar lang in Onnen en werd geplukt voor onderdelen. Met de komst van de 114 besloot de Stichting 2454 CREW de restauratie van de 115 stop te zetten en het treinstel te gaan plukken en later te slopen. De 114 zal gerestaureerd worden en zijn rode kleur behouden. De 114 verkeerde in een veel betere staat dan de 115, voornamelijk het casco van de 115 was erg roestig. De 115 is tevens een van de vier DE3'en waarbij in de jaren '80 de originele ramen zijn vervangen door 'sprinter'-ramen. Hiervoor werd het casco aangepast, waardoor de 2454 CREW de 115 niet meer van de originele ramen kon voorzien. De treinstellen 114 en 151 beschikken wel over deze originele ramen. De 114 zal zijn rode kleur behouden. Op 13 juli werd de 114 door de gele 151 vanuit Utrecht Maliebaan overgebracht naar Amersfoort.